Skip navigation
DSpace logo

  1. Repositório Institucional da UFPB
  2. UFPB - Campus II - Centro de Ciências Agrárias (CCA)
  3. CCA - Trabalhos de Conclusão de Curso de Graduação
  4. TCC - Zootecnia
Use este identificador para citar ou linkar para este item: https://repositorio.ufpb.br/jspui/handle/123456789/23281
Registro completo de metadados
Campo DCValorIdioma
dc.creatorLima, Laiorayne Araújo-
dc.date.accessioned2022-07-06T10:36:59Z-
dc.date.available2022-07-06-
dc.date.available2022-07-06T10:36:59Z-
dc.date.issued2022-06-20-
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufpb.br/jspui/handle/123456789/23281-
dc.description.abstractThe bacteria Salmonella Derby can cause non-typhoid salmonellosis in humans and animals. Swine are their main reservoirs but they can also be found in birds.The genomic characterization of different strains of Salmonella serovarsis is important to understand the contamination sources and transmission routes in anial production systems, allowing the implementation of appropriate control measures. The present study aimed to characterize the genome of Salmonella Derby strain SD115 originated from laying poultry in Brazil. Whole genome sequencing (WGS) was performed on the Illumina MiSeq platform. Genome assembly and annotation were performed by means of the Unicycler version 1.0 program PathoSystems Resource Integration Center (PATRIC) server, respectively Multilocus sequence typing was determined by the MLST 2.0 software. Antimicrobial resistance genes and virulence factors were identified by Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD) and Virulence Factor of Pathogenic Bacteria Database (VFDB), respectively. The presence of plasmids was investigated by PlasmidFinder. The S. Derby strain SD1112.04 was identified as sequence type 13 (ST13) and its genome had a total size of 4,787,671 pb, with 52.04% C+G contents and 4,820 coding sequences (CDSs),from which 650 were associated with hypothetical proteins. We identified 99 virulence factors and 49 antimicrobial resistance genes against eight different classes of antibiotics. The results of the present staudy can be used to support epidemiological and evolutionary research on S. Derbypt_BR
dc.description.provenanceSubmitted by Roberval Silva (ber-val@hotmail.com) on 2022-07-06T10:36:59Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) LAL06072022-MZ352.pdf: 782077 bytes, checksum: 3f89de0a65784366c5df04da6da85b0e (MD5)en
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2022-07-06T10:36:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) LAL06072022-MZ352.pdf: 782077 bytes, checksum: 3f89de0a65784366c5df04da6da85b0e (MD5) Previous issue date: 2022-06-20en
dc.languageporpt_BR
dc.publisherUniversidade Federal da Paraíbapt_BR
dc.rightsAcesso abertopt_BR
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/*
dc.subjectSalmonelosept_BR
dc.subjectIndústria avícolapt_BR
dc.subjectSequenciamento de genoma completopt_BR
dc.titleSequenciamento, montagem e anotação do genoma de uma cepa Salmonella Derby ST13 originada de avicultura de postura no Brasilpt_BR
dc.typeTCCpt_BR
dc.contributor.advisor1Oliveira, Celso José Bruno de-
dc.description.resumoSalmonella Derby é uma bactéria causadora de salmonelose não-tifóide em seres humanos e animais. Essa bactéria tem os suínos como seu principal reservatório, podendo também ser encontrada em aves. A caracterização genômica das diferentes cepas de Salmonella amplia a capacidade de compreensão das fontes e vias de contaminação nos sistemas de produção, permitindo a implementação de medidas de controle apropriadas. O presente estudo objetivou caracterizar o genoma de Salmonella Derby cepa SD115 originada de avicultura de postura no Brasil. Foi realizado sequenciamento do genoma completo em plataforma Illumina MiSeq. A montagem do genoma foi realizada através do programa Unicycler versão 1.0, e sua anotação realizada através do servidor PathoSystems Resource Integration Center (PATRIC). A tipagem de sequência multilocus foi determinada pelo software MLST 2.0. Genes de resistência antimicrobiana e fatores de virulência foram identificados através dos bancos de dados Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD) e Virulence Factor of Pathogenic Bacteria Database (VFDB). A presença de plasmídeos foi avaliada utilizando-se PlasmidFinder. A cepa S. Derby SD115 foi identificada como sequence type 13 e seu genoma apresentou tamanho total de 4.787.671 pb, com conteúdo C+G de 52,04%. Foram identificados 4.820 sequências codificantes (CDSs), das quais 650 foram associadas a proteínas hipotéticas. Foram identificados 99 fatores de virulência e 49 genes de resistência antimicrobiana, contra oito diferentes classes de antibióticos. Os resultados do presente trabalho poderão ser utilizados para subsidiar investigações epidemiológicas e evolutivas de S. Derbypt_BR
dc.publisher.countryBrasilpt_BR
dc.publisher.departmentZootecniapt_BR
dc.publisher.initialsUFPBpt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS AGRARIAS::ZOOTECNIApt_BR
Aparece nas coleções:TCC - Zootecnia

Arquivos associados a este item:
Arquivo Descrição TamanhoFormato 
LAL06072022-MZ352.pdf763,75 kBAdobe PDFVisualizar/Abrir
Mostrar registro simples do item Visualizar estatísticas


Este item está licenciada sob uma Licença Creative Commons Creative Commons